Ngày 6 tháng 6 năm 2017, nhân ngày tưởng niệm những người lính Hàn Quốc đã hy sinh cuộc sống của họ vì lợi ích quê hương, Moon Jae-in đã có bài phát biểu gây tranh cãi tại nghĩa trang tưởng niệm quốc gia ở Seoul rằng nền kinh tế Hàn Quốc đã tồn tại được là nhờ vào "sự cống hiến to lớn và hy sinh vĩ đại của những người lính tham chiến tại Việt Nam".[32] Ngày 9/6, đại diện Bộ Ngoại giao Việt Nam đã giao thiệp nghiêm khắc với đại diện Đại sứ quán Hàn Quốc tại Việt Nam. Trong khi đó quân đội Đại Hàn trong thời gian tham chiến tại Việt Nam đã làm chết 9.000 người dân Việt Nam vô tội trong các cuộc thảm sát.[33]Ước tính có hàng trăm nghìn binh sĩ Hàn Quốc đã cùng với các lực lượng quân sự Hoa Kỳ tham chiến ở chiến trường Miền Nam Việt Nam.[34]
Tháng 1 năm 2019, thống đốctỉnhNam Gyeongsang là Kim Kyung-soo, một đồng minh thân cận của tổng thống Moon đã bị Tòa án Tối cao Hàn Quốc kết án 2 năm tù vì tội danh gian lận, theo cáo trạng của các công tố viên, người này đã thông đồng với một blogger quyền lực trên mạng xã hội có tên Kim Dong-won (biệt danh là Druking), nhằm tăng số lượt "thích" trên các diễn đàn Internet và phương tiện truyền thông, để qua đó tăng sự ủng hộ của người dân cho ông Moon, kết quả, ngoài ông thống đốc thì blogger Kim cũng bị kết án 3 năm rưỡi tù giam.[35]
Tháng 3 năm 2019, trong chuyến công du tới các nước trong khu vựcĐông Nam Á, ông Moon đã liên tiếp phạm phải nhiều lỗi ngoại giao.[36]
